审核结论为“有疑问，需现场检查”的，云南绿色食品认证，中心认证处在2个工作日内完成现场检查计划，书面通知申请人，并抄送省绿办。云南绿色食品认证，得到申请人确认后，5个工作日内派检查员再次进行现场检查。审核结论为“材料不完整或需要补充说明”的，中心认证处向申请人发送《绿色食品认证审核通知单》，同时抄送省绿办。

申请人需在20个工作日内将补充材料报送中心认证处，并抄送省绿办。审核结论为“合格”或“不合格”的，中心认证处将认证材料、认证审核意见报送绿色食品评审委员会。在5个工作日内将办证的有关文件寄送“认证合格”申请人，并抄送省绿办。

云南绿色食品认证公司，申请人在60个工作日内与中心签定《绿色食品标志商标使用许可合同》。绿色食品标志使用证书有效期三年。证书有效期满，需要继续使用绿色食品标志的，云南绿色食品认证，标志使用人应当在有效期满三个月前向省级工作机构提出续展申请，同时完成网上在线申报。